Am 11.7.1961 wurde von verschiedenen sozial engagierten Christen auf Initiative von Frau Magrith Holtkötter der „Kinderhaus St. Raphael im Wildtal e.V.“ gegründet. Der Verein sollte Träger eines kleineren heilpädagogischen Kinderheimes (12 Kinder) werden, das man in einem angemieteten Einfamilienhaus (Neubau) in Wildtal bei Freiburg gründen wollte. Zur Aufbringung des hierzu benötigten Startkapitals gewährte das Erzbischöfliche Ordinariat einen Zuschuss von 6.000 DM.
Am 14.1.1962 konnte das Kinderhaus im Gebäude Wildtal, Waldackerweg 1 (Ecke Vorstädtleweg/Waldackerweg) eingeweiht werden.
Im Jahr 1965 zeichnete sich dann ab, dass das Heim nicht im bisherigen Gebäude bleiben konnte, da infolge des Todes des Vermieters dessen kinderreiche Familie Eigenbedarf geltend machen musste.
Mit Hilfe der Kirchenleitung gelang es, ein Ersatzgebäude zu finden. Ab 1.3.1966 mietete der Verein das in Freiburg-Littenweiler gelegene und dem Erzbischöflichen Stuhl gehörende Gebäude Sickingenstraße 11 an. (Nutzung ab 4.8.1966; 16 Kinder).
Am 25.10.1967, kurz nach 17.30 Uhr, brannte der Dachstuhl des Kinderhauses völlig aus. Ein größerer Schaden konnte dank des raschen und umsichtigen Eingreifens der Feuerwehr, der es in kurzer Zeit gelungen war, den Brandherd zu lokalisieren, verhindert werden.

Im Jahre 1967 konnte der Verein dann das in Lenzkirch-Saig, Hiera 22, gelegene Wochenendhaus des Freiburger Brauereibesitzers Hans Ganter erwerben. Hierzu gewährte Erzbischof Schäufele einen Zuschuss.
Zusätzlich zum Heim wurde einige Zeit lang auch noch eine Sonderschule (Vorläufer der heutigen Schule für Erziehungshilfe Am Hungerberg) betrieben, in der auch Externe unterrichtet wurden. Die Zahl der im Kinderhaus aufgenommenen Kinder konnte auf 14 erhöht werden.

Nachdem ein in Eigenarbeit zur Gewinnung von Einzelzimmern ausgebautes altes Gartenhaus abbruchreif war, entstand die Planung, auf dem vorhandenen Grundstück ein Wohn- und Personalhaus auf Erbpachtbasis zu errichten. Dieses wurde 1975 bezogen.
1989 konnte das in der unmittelbaren Nachbarschaft gelegene Grundstück/Zweifamilienhaus Alemannenstraße 22 dazuerworben werden. Nunmehr war eine Betreuung von bis zu 22 Kindern in drei Gebäuden möglich; die beiden Gebäude auf dem Anwesen Sickingenstr. und das neuerworbene Gebäude Alemannenstraße 22 sind untereinander durch den Garten erreichbar.
1990 zog der Heimleiter mit seiner Familie dort ein und betreute mit seiner Frau bis zu dem Jahr 2000 bis zu 4 Kinder aus dem Kinderhaus.
Im August 2000 wurde die Betriebserlaubnis dahingehend geändert, dass künftig statt bislang 22 noch 16 Kinder, Jugendliche und junge Erwachsene in zwei Erziehungsgruppen über Tag und Nacht betreut wurden. Die Kinder waren in den Gebäuden Sickingenstraße 11 und 13 untergebracht, im Gebäude Alemannenstraße 22 wohnte der Heimleiter mit seiner Familie.

Mit dem Einrichtungsleiterwechsel 2011 kam es zu einer weiteren Umgestaltung. Im Gebäude in der Alemannenstraße wurde eine Trainingswohngruppe mit dem Ziel der Verselbständigung von im Kinderhaus aufgewachsenen Jugendlichen gegründet. Diese Gruppe hat 4 Plätze. Die Platzzahl in den beiden Häusern in der Sickingenstraße wurde bereits zwei Jahre früher auf 14 reduziert.

Im Laufe der folgenden Jahre wurde deutlich, dass es mehr Bedarf im Bereich des Trainingswohnens gab und die vorhandene Platzzahl nicht ausreichend war. Schließlich entschloss sich der Verein im Garten des Kinderhausgeländes ein weiteres Wohnhaus zu bauen. Dieses wurde 2017 fertiggestellt und von vier Jugendlichen bezogen.

Damit verfügt das Kinderhaus nun insgesamt über 22 Plätze, 8 davon im Trainingswohnbereich.